Dès la fin de septembre 2001, alors que les frappes américaines débutaient, le Gouvernement français se mobilisait afin de rapidement venir en aide aux populations afghanes. Une première mission se rendait en Ouzbekistan et au Tadjikistan afin de faciliter le passage de l’aide d’urgence en Afghanistan. Un avion d’aide était affrété depuis la France pour renforcer les capacités des ONG françaises à agir rapidement et efficacement à partir de la ville de Termez, à la frontière ouzbèk.

En octobre, le Cabinet du Ministre de la Santé prenait des contacts avec le Pr Jean-François Cier, mémoire de la coopération Lyon – Kaboul. La relance de cette coopération était évoquée et envisagée. Aide Médicale Internationale, depuis Kaboul, fournissait des informations sur l’état des hôpitaux de Kaboul. Les Hospices Civils de Lyon étaient sensibilisés à l’éventualité d’un départ rapide.

Le 14 novembre 2001, le Ministre de la Santé, en accord avec le Ministre des Affaires Etrangères, envoyait à Kaboul une équipe de trois personnes, chargée « d’évaluer les établissements de santé de Kaboul et notamment l’hôpital universitaire Ali Abad ».

Cette « première mission », composée du Docteur Frédéric Tissot, de François Crémieux et du Dr Jean-Luc Brémont, allait entre le 30 novembre et le 20 décembre 2001, proposer une stratégie pour relancer la coopération entre la France et l’Afghanistan dans le domaine de la santé.

Dès le 18 décembre 2001, une équipe des Hospices Civils de Lyon, mobilisée par le Ministre de la Santé, arrivait à Kaboul avec le premier avion d’aide d’urgence. Composée de Monsieur Robert Hanskens, Madame Michelle Bermudez et Monsieur Pier-Jean Blasquez, cette première équipe lyonnaise posait alors les bases pratiques de la nouvelle coopération entre Lyon et Kaboul.

Du 8 janvier au 13 janvier 2002, une mission pilotée par le Directeur général de la Coopération Internationale et du Développement du Ministère des Affaires étrangères mettait en place à Kaboul le dispositif pour la relance de la coopération française en Afghanistan.

Début février 2002 le Docteur Frédéric Tissot mettait en place à Kaboul, avec Monsieur Jean-Marin Schuh, Chargé d'Affaires, Monsieur Eric Lavertu, Conseiller de coopération et d'action culturelle et Monsieur Emmanuel Delloye, Coordinateur de la Coopération avec l’Afghanistan à Paris, ce qui allait devenir la Cellule Santé de l'Ambassade de France chargée de participer à la "reconstruction du système de santé afghan".

En juin 2003, Florence Morestin allait renforcer cette Cellule Santé. En Février 2005, Emilie Robert venait lui succéder.

Fin juin 2005, le Docteur Frédéric Tissot, après trois ans et demi, quittait l’Afghanistan. Puis Emilie Robert, après une année de dur labeur terminait son contrat fin janvier 2006.

En mars 2006, le Docteur Philippe Bonhour arrivait à la tête du projet santé.